La estrategia económica propuesta por las Instituciones Financieras Internacionales (IFIs) ha sido duramente criticada desde el origen de las mismas. En los últimos años, sin embargo, el debate sobre su rol y sus políticas se ha intensificado.
Las críticas vienen desde sectores variados. Las que más se han hecho oir son, sin duda, las provenientes de las iniciativas sociales que han aparecido en los últimos años bajo el paraguas de lo que se ha dado en llamar "antiglobalización". Este movimiento surgió a la luz pública en la Conferencia Ministerial de la Organización Mundial de Comercio en Seattle a fines de 1999 y su acción se profundizó en los Foros Sociales Mundiales realizados en Porto Alegre. Las IFIs son, junto al G8 y la Organización Mundial de Comercio (OMC) los principales blancos de las críticas del nuevo activismo mundial.
En los foros de Porto Alegre, solamente, se han recaudado cientos de miles de firmas para buscar alternativas a las estrategias propuestas por el FMI y el BM.

Muchas de estas críticas se centran en que históricamente los gobiernos de los países acreedores en general y el de Estados Unidos en particular, han utilizado a las IFIs como una herramienta política y económica que ha generado una centralización de la inversión productiva y la inestabilidad financiera de los países menos desarrollados.

Una crítica que se le ha realizado con frecuencia al FMI es que utiliza su poder sobre los países endeudados para obligarlos a eliminar toda medida proteccionista en provecho de los países con economías más poderosas y a expensas del desarrollo de la producción local, debilitando también la soberanía de los países en la determinación de sus políticas internas.
Las instituciones multilaterales han sido directamente responsabilizadas en la generación de pobreza e inestabilidad social como consecuencia de sus políticas. Los ejemplos en el mundo abundan, siendo quizás Argentina el más notorio de los últimos años. La falta de transparencia y de participación de los destinatarios de las políticas de estos organismos en la toma de decisiones también es un elemento que se ha señalado repetidamente, incluso desde organismos internacionales como Naciones Unidas (en particular, el Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo, PNUD).

Son ampliamente conocidas las críticas al FMI por parte de Joseph Stiglitz (premio Nobel de economía, presidente del Consejo de Asesores Económicos de Clinton y ex-economista en jefe del Banco Mundial), sobre todo por considerar la falta de flexibilidad del Fondo para adaptar sus políticas a las distintas realidades de los países. También otros sectores más conservadores de la política estadounidense crítican duramente a las IFIs y en particular al FMI: quieren que éste se limite a otorgar créditos a corto plazo y que no se destinen recursos a los países de ingresos medios que tienen acceso a los mercados de capitales privados. Para los sectores más liberales del pensamiento económico el mayor peligro está en el "riesgo moral": los incentivos creados por el FMI para los prestamistas y prestatarios internacionales. Basándose en estos incentivos, los gobiernos nacionales persisten en políticas "irresponsables" mientras que los acreedores internacionales subestiman los riesgos. En consecuencia, tanto los booms como las caídas se exageran hasta tener efectos devastadores. Una de las críticas más duras al Fondo Monetario ha sido realizada por el economista Milton Friedman (premio Nobel y afiliado a la derecha norteamericana), basándose, sobre todo, en el mal resultado que han dado las políticas del FMI en los países del este asiático. En febrero de 2000, una comisión internacional (con apoyo del Partido Republicano de los Estados Unidos) realizó un informe de asesoramiento para las Instituciones Financieras Internacionales. Los datos del informe ("Informe Meltzer") indican que el 80% de los recursos del Banco Mundial no se destinan a los países más pobres, sino a aquellos que tienen tipos de interés más positivos y que, por lo tanto, permiten aumentar aún más el capital del BM en los mercados internacionales. El BM sólo dedica el 20% a su objetivo principal: erradicar la pobreza.

Frente a todas estas objeciones las IFIs se ven enfrentadas a la necesidad de plantearse una autocrítica profunda y evaluar cuál es el rol que pueden y deben jugar en el contexto mundial actual.